广州市穗港澳青少年交流中心中心下设综合部、港澳事务部、国际事务部、策划计调部四个部门，向行政负责人直接负责，协助落实理事会的工作决策。

1.综合部（办公室）：

负责日常事务工作，包括人事任免、财务、日常接待、会议组织、文件办理、档案收集等，并承担团市委联络部临时交办的其他工作。

2.港澳事务部：

开展协会交流工作，组织穗港澳青少年交流活动，增进各地青少年进行沟通联络，落实每次活动的陪同、接待工作，根据各地青少年的需求，策划符合团市委要求的交流内容 。策划协会相关联谊工作，组织青少年在经济、政治、文化等领域的考察交流活动。

3.国际事务部：

面向除港澳地区以外的其他地区，组织国际青少年到穗参加交流活动，落实每次活动的陪同、接待工作，增加各地青少年的凝聚力。

4.策划计调部：

整合各地资源，包括各地景点、交通、住宿等资源；做好每次交流活动的资金预算工作，开展交流计划。联系、扩展穗港澳社会组织；搭建穗港澳社会组织交流平台；制定青少年日常联络、维系发展、走访交流等工作机制；依托广州市穗港澳青年研究会的研究力量，开展针对粤港澳青少年交流活动基地建设、穗港澳青少年交流工作、穗港澳青少年思想动态等方面的研究，及时发布研究成果、活动及工作信息。